GenSeq : Génotypage - Séquençage Génomique Environnementale

Ce plateau met à la disposition de la communauté les technologies classiques en matière d’analyse génétique par électrophorèse capillaire : génotypage par analyses de variation de taille de fragments – microsatellites, AFLP – et séquençage type Sanger. Il propose également une automatisation de l’extraction d’acides nucléiques de qualité génomique afin de traiter rapidement et de façon reproductible un grand nombre d’échantillons. Quelques outils dédiés à la préparation de banques NGS sont également disponibles. 

Localisation : 
ISEM
Description

En plus du génotypage et séquençage par électrophorèse capillaire, GenSeq propose quelques technologies de pointes permettant de préparer des banques pour du séquençage haut débit : sonication haute précision, collecte automatique de fractions d'ADN.
Un automate de pipetage Biomek 4000 est également disponible pour la manipulation d'échantillons et la purification de produits de PCR ou de séquençage par plaques 96 puits.
Est en cours d'installation (2014) un automate permettant l'extraction par bille magnétique de 96 échantillons en moins d'une heure.

Equipements

– Automate d’extraction d’ADN ou d’ARN KingFisher Flex

– Séquenceur Illumina MiSeq

– Séquenceurs ABI 3130 XL 16 capillaires et ABI 3500XL 24 capillaires

– Automate pipeteur Biomek 4000

– Sonicateur Covaris S220

– Collecteur automatique d’ADN Pippin Prep

– 2 thermocycleurs Eppendorf dont un avec gradient de température

– Spectrophotomètre Nanodrop 8000

– Fluorimètre Qubit

Fonctionnement

Pour le génotypage, le plateau ne réalise que les électrophorèses capillaires précédées éventuellement d’un réassemblage des échantillons sur plaque 384 puits. Le planning des passages est consultable en ligne.

Pour le séquençage Sanger, le plateau peut réaliser les réactions et purifications mais aussi simplement prendre en charge les produits de réactions réalisées par les utilisateurs.

Réservation ici

 

Documents consultables
Contact : 
 
Responsables: Erick Desmarais et Frédérique Cerqueira
 
Contact:
 
ISEM, CC063, Bât. 24, 1er étage
Université Montpellier 2, Place E. Bataillon
Montpellier
 
 
 

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